Shippuden commence deux ans et demi après le départ de Sasuke. Naruto et ses compagnons se sont séparés afin de subir un dur entraînement. Notre héros revient à Konoha en compagnie de maître Jiraya qui lui a fait subir un dur entraînement. Mais il découvre à son arrivée que le visage de Tsunade est gravé dans la pierre comme les grands Hokage de Konoha.

Naruto retrouve également Sakura qui a changé : elle est devenue plus mûre et a été entraînée par Tsunade qui lui a appris entre autres des techniques de Ninjutsu médical. Kakashi décide alors de leur faire subir à tous deux un entraînement afin de tester leurs nouvelles aptitudes. Ils ont jusqu'à l'aube pour prendre à Kakashi deux clochettes qu'il garde précieusement sur lui. Naruto va utiliser sa technique de clonage pour surprendre Kakashi alors que Sakura utilise une technique de Genjutsu pour faire exploser le sol. Mais ce qui leur premettra de gagner est de révéler à Kakashi la fin d'un livre qu'il lisait.

Après cette épreuve, Naruto et Sakura décident de se rendre chez Ichiraku. En chemin, ils rencontrent Shikamaru et Tenmari qui ont eux aussi bien grandi. Tenmari est là pour un aller-retour entre Konoha et Suna pour les briefings de l'examen de sélection des classes moyennes. Shikamaru, lui, est nommé responsable de l'examen et il doit accompagner les envoyés du sable. C'est alors que Naruto découvre qu'il est le seul de sa promotion à ne pas être diplômé. Quand à Neji et Kankuro, ils sont même déjà devenus ninjas de niveau supérieur.

Gaara de son côté est devenu Kazekage et dirige le peuple du sable. Jiraya lui a envoyé un message pour le prévenir que l'organisation Akatsuki s'intéresse à lui. Le village du sable est donc en état d'alerte mais deux membres de Akatsuki, Sasori et Deidara, arrivent aux portes du village. Ils ont pris possession d'un guerrier du nom de Yura et le poussent à éliminer la garde.

Au même moment, Deidara, qui a le pouvoir de créer des sortes d'êtres artificiels, survole la ville sur une de ses créations et lance des araignées explosives pour éliminer les poches de résistance. Gaara décide de s'en occuper en personne et le combat commence entre lui et Deidara sous les yeux de Kankuro et la garde de Gaara.

Grâce à un habile stratagème, Deidara réussit à mettre Gaara hors combat. Elle envoie un minuscule oiseau explosif dans le cocon de sable qui protège Gaara et le fait exploser. Elle prend alors le guerrier inconscient avec elle sur son aigle artificiel et le conduit hors des limites de la ville. Kankuro qui a tout suivi découvre les hommes de la garde massacrés. Pendant ce temps, Deidara et Sasori se retrouvent devant les portes de la ville avec le corps de Gaara toujours inconscient. Kankuro décide alors d'utiliser ses nouvelles techniques de marionnettiste pour les attaquer et protéger Gaara. Mais il est mis hors combat et découvre qu'en réalité Sasori du diable rouge est un artisan marionnettiste.

À Konoha, un aigle voyageur révèle aux ninjas ce qui se passe. Tsunade demande alors à Kakashi, Naruto et Sakura de se rendre là-bas. En chemin, Sakura aperçoit Tenmari et lui explique la situation. Elle décide donc de les accompagner pour les aider. Peu après, Naruto leur explique que Akatsuki veut s'emparer des démons qui sont enfermés en Gaara et en lui. Ils ont eu tous  deux des destins similaires. Des orphelins abandonnés de tous et enfermant en eux un puissant pouvoir protecteur. Mais Naruto a eu de plus en plus d'amis, ce qui lui a permis de survivre. Alors que Gaara a toujours été seul et personne ne l'a aidé à surmonter les épreuves.

À leur arrivée au village, nos héros découvrent que Kankuro a été empoisonné. Heureusement, Sakura utilise les techniques de guérison de Tsunade pour le remettre sur pied.

Puis Maître Gai, Rock Lee, Tenten et Neji arrivent à leur tour au village pour leur prêter main forte. Et Pakun le chien pisteur décide de conduire l'équipe de guerriers afin de les guider à la cachette des kidnappeurs.

Très loin de là, dans une grotte secrète, Deidara et Sasori ont rejoint d'autres membres de Akatsuki. Ils commencent une cérémonie qui durera trois jours et trois nuits afin d'enlever le biju qui sommeille dans le corps de Gaara. Mais, au bout d'un certain temps, l'un d'eux sent l'énergie de l'équipe de sauvetage se rapprocher. Kisame est donc envoyé pour les ralentir.

Gai, Rock Lee, Tenten et Neji restent pour le combattre pendant que Naruto, Sakura, Kakashi et Chiyo (une habitante du village du sable qui les accompagne) continuent dans la forêt. Mais ce second groupe tombe nez à nez avec Itachi Uchiwa. Commence alors un grand affrontement pour arriver à sauver à temps Gaara avant que son biju ne lui soit enlevé, ce qui causerait sa mort.

Ce qui faut retenir de Shippuden

Les biju

Désigne un démon à une ou plusieurs queues. Il en existe neuf au total et ils ont chacun un nombre de queues différents.

Ichibi a une queue (le biju de Gaara), Nibi en a deux et ce jusqu'à Kyubi (le biju de Naruto) qui en a neuf. Leur nom indique aussi leur nombre de queues. Les biju sont des sources de shakra énormes. Du coup, ils attirent les hommes pour la guerre et les villages cachés cherchent à acquérir les biju pour des fins militaires. Mais personne n'a jamais pu les contrôler et ils ont été éparpillés dans le monde. Aujourd'hui, Akatsuki cherche à les réunir pour une raison mystérieuse. Les personnes qui ont en eux un biju comme Naruto sont appelées des Jinchuuriki.

Akatsuki

Signifie lune rouge. D'ailleurs on reconnaît ses membres à leur cape noire avec des nuages rouges. Ils sont pour la plupart des ninjas qui ont été bannis de leur village. Ils souhaitent maintenant obtenir le pouvoir par n'importe quel moyen. Chaque membre a une bague à un doigt.